İslamiyet öncesi döneme dayanan “Dede Korkut Hikâyeleri”, İslamiyet’in kabulü sonrası yazıya geçirilmiştir. Buna bağlı olarak hem İslamiyet öncesi inanç izleri taşımakta, hem de İslam inancına ait ögeleri içinde barındırmaktadır. Bu yüzden eserde hem ağacın, suyun, dağın eski kutsal yerini koruması gibi Şamanist unsurlar belirgin bir şekilde göze çarpar, hem de kahramanların “arı sudan abdest alıp iki rekat namaz kılması gibi” İslamiyete dayanan davranışlar görülür.
İslamiyet’in kabulüyle, Türklerin yaşantısına katılan, metinlerde kullanılmaya başlanan “Allah” kelimesi yanında “Tanrı” kelimesi de kullanılmaya devam eder. Dede Korkut Hikâyeleri’nde de Allah ve Tanrı kelimeleri sıklıkla kullanılmakta ve bir arada bulunmaktadır. “Begil Oğlu Emre’nin Destanı”nda geçen “ ‘Oğlan yenildinse Tanrı’na mı yalvarıyorsun, senin bir Tanrın var ise benim yetmiş iki puthânem var’ dedi. Oğlan der: ‘Yâ âsi mel’un, sen putlarına yalvarıyorsun ben âlemleri yoktan var eden Allah’ıma sığındım.’ dedi.” kısmı Tanrı ve Allah sözcüklerinin bir arada kullanmınına güzel bir örnek teşkil eder.
Dede Korkut Hikayeleri’nde pek çok yerde İslamiyete dayalı davranışlara rastlanır. Hikayedeki baş kahramalar zorluklarla karşılaştıklarında veya çarpışmalardan hemen önce besmele çeker, abdest alır ve namaz kılar. Bir dilekleri olduğunda veya şükür etmek istediklerinde Allah’a dua ederler. Dede Korkut Hikayelerinde hemen hemen her hikayenin sonunda dua bölümü yer alır. “Begil Oğlu Emre’nin Destanı”nda geçen “Yerli kara dağların yıkılmasın. Gölgeli koca ağacın kesilmesin. Allah’ın verdiği ümidin kesilmesin. Günahınızı adı güzel Muhammed’e bağışlayın…” şeklindeki dua, metnin tamamındaki dualardan biridir. İslamiyet temelli çeşitli davranışların anlatımına verilebilecek en belirgin örneklerden biri” Kazan Bey Oğlu Uruz Bey’in Esir Olduğu Destanı”nda şu ifadelerle geçmektedir: “Kazan Bey gördü ki kâfir çok yaklaştı. Atından indi, arı sudan abdest aldı, ak alnını koydu, iki rekât namaz kıldı. Adı güzel Muhammedi yâda getirdi, kara dinli kâfire göz kararttı, haykırdı, at sürdü karşı vardı, kılıç vurdu.”
Hikayelerde pek çok yerde İslamiyet’den sonra yazıya geçirilmenin etkisiyle İslam inancında önemli yere sahip unsurların ve şahısların isimleri kullanılmıştır. Bunlar genellikle dualar içerisinde yer almışlardır. Dede Korkut Hikayelerinde hemen hemen her hikayenin sonunda dua bölümü yer alır. Bu duaların ortak olan kısımlarında Şamanist ve İslami unsurlar bir arada bulunur. Hikayelerin genelinde ortak olarak geçen kısım ise şöyledir: “Yerli kara dağların yıkılmasın. Gölgeli koca ağacın kesilmesin. Allah’ın verdiği ümidin kesilmesin. Günahınızı adı güzel Muhammed’e bağışlayın…” Bu duada yer alan “dağ ve ağaç” kavramları Şamanist unsurlarken “Allah” sözcüğü Türklerin yaşantısına İslamiyet ile beraber girmiştir. Ayrıca “adı güzel Muhammed” ifadesi ise Müslümanların peygamberi olan Hz. Muhammed için kullanılmaktadır.
İslami açıdan önemli unsurların kullanıldığı en belirgin örneğe ise “Salur Kazan’ın Evinin Yağmalandığı Destanı”nda Uruz’un ağaca söylediği şu sözlerde rastlanır:
“Ağaç ağaç der isem üzülme ağaç,
Mekke ile Medine’nin kapısı ağaç,
Musa Kelim’in asası ağaç,
Büyük büyük suların köprüsü ağaç,
Kara kara denizlerin gemisi ağaç,
Erlerin şahı Ali’nin Düldülünün eyeri ağaç,
Zülfikârın kını ile kabzası ağaç,
Şah Hasan ile Hüseyin’in beşiği ağaç,
Eğer erdir eğer avrattır korkusu ağaç,
..."